
【研究】縄文人が感染していた古代ウイルスのゲノム配列を特定 縄文人ウイルスから解き明かすウイルス進化過程

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- 1 : 2020/10/02(金) 23:30:45.57 ID:bpai0PgY9
図1:古代DNAからわかるさまざまなことの今と未来
図3:CT89のゲノム配列を用いて作成された系統樹
概要
過去に日本列島で生活していた縄文人(1)のゲノム配列(2)を調べることにより、縄文人のルーツや目の色、お酒に強いかなど、さまざまなことがわかってきました。一方で、縄文人がどのようなウイルスに感染していたのかをはじめとしてわからないことも種々残されています。
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の西村瑠佳さん (総研大遺伝学専攻大学院生) と井ノ上逸朗教授らの研究グループは、縄文人の歯髄から得られたDNAを用い、そこに含まれるウイルスのゲノム配列を決定し、解析を行いました。その結果、11種類のウイルスのゲノム配列が見つかりました。中でもSiphovirus contig89 (CT89) (3)と呼ばれるヒトの口腔内に生息するウイルスについては完全長のゲノム配列データを得ることができました。さらに現代のCT89ウイルスとゲノム配列を比較した結果、本研究で見つかったCT89のゲノム配列は、CT89の祖先型ゲノム配列を反映していることが示唆されました。
今後は、CT89ウイルスがどれくらいの速さで進化してきたのか、どのような進化過程を辿ったのかなどを詳細に解析するとともに、糞石をはじめとする縄文人化石の他の部位にも注目し、縄文人に感染していたと思われる古代ウイルスを多く見つけていく予定です。
古代人骨の化石に残存するDNAを抽出し、そのゲノム配列を調べることで、どの生物由来のDNAか推定できる。多くのDNAは古代人に由来し、それらの情報によって古代人のルーツや表現型などの解析が盛んに行われてきた。
一方で、古代人骨からDNAを採取すると、古代人に感染していた細菌やウイルスに由来するDNAも含まれていることがわかってきた。細菌やウイルスのゲノム情報に注目することで、古代人の生活様式や病気、ウイルス進化について推定できる。
※省略
研究の詳細
研究の背景
古代人骨の化石にはDNAが残存しています。このDNAを採取すると、古代人由来のDNAだけではなく、古代人に感染していたと考えられる細菌やウイルスのDNAも一緒に採取されてくることがわかっています。このウイルスDNAに注目し、古代から現代にかけて起こった塩基配列の変化を調べることによって、ウイルスがどのような進化を遂げたのかを考察することができます。すなわち、このように古代人骨の化石から採取したウイルスの塩基配列を現代のウイルスの塩基配列と比較することで、現代のウイルスの塩基配列のみに注目した際に生じる時間的なバイアスを排除した進化過程の推定が可能になるのです。しかしながら、日本列島で過去に生活していた縄文人に感染していたウイルスをはじめとする微生物の研究は進んでいませんでした。そこで、本研究チームは、縄文人にどのようなウイルスが感染していて、そのウイルスはどのように進化してきたのかを解き明かすことに挑戦しました。
本研究の成果
縄文人骨の歯髄に含まれる全てのDNAの塩基配列を次世代シークエンサー(4)で決定しました。その中で現代のウイルスと類似の塩基配列を持つゲノム配列を探索したところ、11種類のウイルスのゲノム配列を見つけることができました。中でも約3800年前の北海道船泊遺跡の縄文人骨から見つかったSiphovirus contig89 (CT89) というウイルスはほぼ完全なゲノム配列が復元できました。このCT89はヒト口腔内の細菌に感染するファージ(5)であることがわかっています。38から完全長のファージ配列を再構成した例は世界で初めてです。さらに、現生のCT89のゲノムは部分配列しかデータベース上に登録されていませんでしたが、今回の解析により、未知の領域の配列も明らかにすることができたのです(図2)。
※省略
今後の期待
本研究により、縄文人の口腔内に含まれるウイルスを初めて明らかにすることができました。この成果は縄文人をはじめとする古代人に感染していた微生物に関する研究の先駆けとなるものです。今後は、得られたウイルス情報をもとに、ウイルス進化に関する知見を増やすことを目指します。
本成果は、ウイルスの起源を解き明かすことに寄与するだけでなく、感染症を引き起こすウイルス進化の予想につながることが期待されます。
2020.09.30
https://www.soken.ac.jp/news/6801/- 4 : 2020/10/02(金) 23:33:37.61 ID:hESapsbi0
- 頭蓋計測値の地域差
東京大学の埴原和郎は、あらかじめ計測の項目と方法を十分検討して統一をとった上で、一斉調査を実施した。
その結果は、地域別に集計され、昭和五六年に「現代日本人頭骨の地理的変異に関する総合調査報告」として発表され、広く人類学関係の研究者に配布されている。
この総合研究の推進者であった埴原は、この尨大なデータを多変量解析で分析し、日本人頭蓋の地域差をもっとも単純な一次元の座標上に要約した図を発表した。
ここでも近畿はアイヌともっとも遠く離れた位置にあり、関東がややそれに近く、東北・北陸・九州が比較的アイヌに近い所に位置している。 - 9 : 2020/10/02(金) 23:35:46.49 ID:PQWYmYzT0
- 天皇家が弥生系だし縄文系は日本人ではない
- 23 : 2020/10/03(土) 00:02:11.71 ID:lad01gYU0
- >>9 弥生人は日本の国家を作った半島由来の日本人
縄文人は弥生人が作り上げた日本から南北に追われた日本列島の純血統種族 - 34 : 2020/10/03(土) 00:57:31.36 ID:Ed2cv/yP0
- >>9
最近は弥生人が縄文人に置き換わったのは
一部にすぎないという見方らしいぞ - 10 : 2020/10/02(金) 23:36:34.76 ID:KVrjj21U0
- 縄文時代の骨からDNA取れるのがすごいな
- 11 : 2020/10/02(金) 23:38:08.40 ID:VtTOO+B00
- 日本人のルーツ未だによく分からんのか
- 12 : 2020/10/02(金) 23:40:12.43 ID:icSctMdu0
- やっぱり古い骨からもDNA取れるんだな
これ絶対そのうちに過去の偉人とか古代生物のクローンが作られるだろ
倫理とか全く関係ない国とかで - 20 : 2020/10/02(金) 23:57:42.49 ID:jX629ra50
- >>12
冷凍マンモスからのクローンの話はどうなったんだろ?
バチカン辺りからの圧力で中止になったのかな? - 13 : 2020/10/02(金) 23:40:42.49 ID:rEdtJllN0
- つかもう日本全国、人の往来がすごく多いのに
地域別なんて意味を成すのかどうか - 27 : 2020/10/03(土) 00:12:53.29 ID:ZtnHRCpy0
- >>13
結構日本人の顔って海外で現地の人に間違われるとか言うけど
秀吉の時代辺りから結構大人数が海外に移住して溶け込んでるみたいだよね - 15 : 2020/10/02(金) 23:42:25.18 ID:HMx2mLgy0
- サイフォウイルスってバクテリオファージか
- 16 : 2020/10/02(金) 23:44:56.30 ID:Q/ek4Oe40
- キチゲェコピペマンがいるとキチゲェのいるスレだって事でみんなさっと閉じるんだろうな
- 17 : 2020/10/02(金) 23:50:20.00 ID:EYmr/Sw70
- 天皇家を含め日本人に純粋な弥生系もいなければ純粋な縄文系もいない。
- 18 : 2020/10/02(金) 23:52:22.49 ID:d93A/6Y90
- 世の中がアイプチやら整形やらで二重にする中なんもせんでも二重だったのはよかったなと
そんだけ
- 19 : 2020/10/02(金) 23:57:38.07 ID:HptlibI40
- 目の前のウイルスの研究進めてください
- 21 : 2020/10/02(金) 23:57:54.94 ID:qorVKR/Y0
- 出雲周辺だけちょっと変なんだよね
- 28 : 2020/10/03(土) 00:23:25.11 ID:NGcTwWZr0
- >>21
日本海側はちょこちょこ出とる
翡翠文化とか - 22 : 2020/10/03(土) 00:00:44.14 ID:e2zjGxb80
- 縄文ゲノム兵を作れ
- 24 : 2020/10/03(土) 00:04:12.48 ID:iTozzLmQ0
- 韓国兄さん
- 25 : 2020/10/03(土) 00:06:23.49 ID:4/85piWk0
- アイヌに研究者がいれば良かったね
捏造し放題だったのに - 26 : 2020/10/03(土) 00:07:40.50 ID:A+2jZd0g0
- 日本列島にしか存在しない縄文DNAですが何か? 弥生人に滅ぼされてはないけど?
- 29 : 2020/10/03(土) 00:23:31.90 ID:3gy2SKGB0
- むかしっから持ちつ持たれつ仲良しだったのか……世界皆兄弟……?
- 30 : 2020/10/03(土) 00:28:51.95 ID:QY1mbxA60
- 立ち上がれワキガ族
半島から来た乾いた耳の奴らを追い出そうもう迫害されるのはコリゴリだ
- 31 : 2020/10/03(土) 00:30:52.43 ID:JLC1H2YC0
- >>1
HTLV1 とかは縄文人に感染して死期を早めても、
弥生人にはは感染しないんだろ?結核は弥生人が持ち込んだとか・・・
- 32 : 2020/10/03(土) 00:32:25.05 ID:nkcJqqTb0
- 九州の風土病の白血病あったよな
これも縄文遺伝子関係してた気がする - 33 : 2020/10/03(土) 00:51:29.74 ID:BoSC6xpN0
- シクって天然痘が復活するんですね
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